كاركنان بخش‌هاي مالي «پگاه‌سيستم» نيز به عنوان بخش‌ پشتيبان و ستادي، تكميل كننده‌ي فعاليت‌هاي ديگر كاركنان «پگاه‌سيستم» در ارايه‌ي خدمات مناسب و شايسته به مشتريان هستند. در اين بخش علاوه بر رسيدگي به درخواست‌ها و مشكلات مالي و اداري مشتريان و كاركنان، تنظيم نهايي فاکتور فروش، قراردادهاي پشتيباني و انجام پيگيري‌هاي مربوط به آن‌ها انجام مي‌شود.
همچنین سیاست گذاریهای مالی و تدوین راهکارهای مالی هماهنگ باسیاستهای کلان شرکت ازوظایف محوری واحدمالی شرکت است.